该程序可以运行在Windows 2000(即2000,XP, Vista, Win7)以后的所有32位版本的Windows上。它也可以运行在当前的64位版本上，但是还没有在这个平台上进行完整的测试。它也可以在Mac系统的Windows虚拟机上运行，但不能保证完全兼容。
自GPMAW 6.20开始，用户可以修改定义的pka值，并且从6.21开始也可以在常规质量表中定义。
GPMAW如何使用这些pka值？对于修改，这是相当简单的，每当它被定义在一个序列中时，pka值被纳入pi和电荷的计算中（也就是说，当残留物通过相关的修改进行修改时）。但是，对于mass文件，您必须特别告诉GPMAW使用用户定义的表，因为GPMAW可以使用四个不同的表。要在这些表之间切换，请输入系统设置，在对话框的**页上，您将找到以下选择：
程序内容
GPMAW的文档在帮助栏中提供，手册可以在网站下载。
位置
高效液相色谱指数
理论PI
布尔和布雷斯指数
序列-1/3字母等
自GPMAW 6.20开始，用户可以修改定义的pka值，并且从6.21开始也可以在常规质量表中定义。
GPMAW如何使用这些pka值？对于修改，这是相当简单的，每当它被定义在一个序列中时，pka值被纳入pi和电荷的计算中（也就是说，当残留物通过相关的修改进行修改时）。但是，对于mass文件，您必须特别告诉GPMAW使用用户定义的表，因为GPMAW可以使用四个不同的表。要在这些表之间切换，请输入系统设置，在对话框的**页上，您将找到以下选择：
显示1个或3个字母
平均质量/单同位素质量
固定残留物宽度
带有序列信息的提要栏
显示二硫化物桥、改性残留物等
**和*三个是从文献中得出的值（参考在线帮助和手册）。*二个选项基于游离氨基酸残基的值。*四个和较后一个选项基于当前选定的mass文件中的定义，必须选中才能使用这些值。
哪里使用这些值呢？
在各自的信息对话框中计算蛋白质和肽的PI值（从蛋白质或肽窗口，选择“蛋白质/肽信息）。如果选择了列选项，则在肽窗口中计算PI值。
模拟的2-D凝胶使用PI计算。
在DigestAlyzer中，可以选择Pi作为一个轴选项。
在肽窗口中报告电荷。
从蛋白质和肽窗口中调用电荷与ph窗口。
当前的局限
如果修改了带电残留物，则原始pka值仍作为总pi/电荷的一部分进行计算。如果未充电的残余物变为带电的残余物并*pka值，则计算“正确”。如果一个界点被修改，它仍然会产生π/电荷。
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