当“拖动”原子或执行其他结构修改时，任何几何参数都可以控制在图像上（见图5）。Chemcraft的界面允许人们轻松地改变任何原子的类型或插入/移除一个键。Chemcraft提供了快速获取Z矩阵的实用工具。Z矩阵是通过点击分子中的原子并*一些附加信息来建立的（图7）。在使用这个工具之前，首先应该在Cartesian坐标中获得分子的结构。所有用于构建分子的上述工具都可用于此目的。
Chemcraft支持一个接口，用于快速创建具有非标准基组的GAMES-US输入文件的部分（图4）。从它们的描述中提取基集，可以在PNNL的网页上获得
/forms/basisform.html)。她们还可以由用户*gaussians来补充。
在使用该实用程序之前，应该选择几个原子以较大程度地彼此靠近（图9这些原子标记为白色）。除了这个特性，Chemcraft还可以计算两个分子之间的均方根差值。
Chemcraft对于ADF用户
Chemcraft读取ADF输出文件、ASCII TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前，ADF输出文件的可视化不如GAMESS或Gaussian文件的可视化那样全面：提供了能量的提取、偶较矩的可视化和一些原子性质，但没有分子轨道可视化等。
与其他格式一起工作
除了Gamess-US, Gaussian 和ADF文件，Chemcraft可以读取NWChem、Jaguar、Oraca、Dalton、GAMESE-UK、Turbomole、MMOPRO和QChem输出文件、HyperChem文件、MSI或PDB格式的文件（这些格式未被全面支持）和MolDraw and Priroda程序格式、NBO格式（.31-.40文件）、Molden文件、MFJ、SDF和Tinker、Crystal文件、VASP和Shellx文件、晶体学CIF文件和简单的文本文件与原子的Cartesian坐标。Chemcraft提供了一个通过剪贴板导入/导出文本格式的原子坐标的接口，这有助于使用任何类型的计算数据。将原子坐标导出到剪贴板中对于快速创建输入文件也是有用的。Chemcraft包含一个分数坐标转换的功能，用于晶体学测量和Cartesian，反之亦然，用于单元参数（a,b,c等）。
构建分子
Chencraft支持一组用于构造分子结构的工具，这些工具可用于准备计算或其他目的的初始猜测：
? 从标准分子片段（自由基等）中构建分子，提供了通过自定义剪贴板来补充该片段集并通过剪贴板复制/粘贴单个片段的可能性；
? 修改分子中的任何几何参数（距离、角度、二面角）。该修饰可以伴随着一个原子、两个原子或选定的原子群的位移；
? 用鼠标在分子图像上拖曳原子或碎片或旋转碎片的可能性（图5）；
? 应用任意几何参数集合的迭代算法（图6）；
? 一种易于使用的实用程序，用于将点群应用于分子（图8）。
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