chemcraft软件

Chemcraft提供了输出文件以结构化的形式呈现。被读取的文件被分成单独的元素，例如单独的几何形状或振动模式。对于每个元素，从文件中提取所有可用数据：原子坐标、能量梯度等。所有元素都呈现在分层列表中（图1）。单击列表中的元素自动显示图像上的单独几何或模式，并允许显示不同的属性。该接口提供了计算数据的可靠可视化，包括非标准类型的计算、不完整的计算等。它还允许具有多个计算任务的复杂文件被可视化。对于能量扫描或IRC计算，通过扫描/IRC步骤将所有几何结构分成组。除了图形的数据表示之外，Chemcraft概述了输出文件的较基本部分，并为文件的每个元素显示了一个简短的“摘要”。

Chemcraft从Gamess-US输出文件中提取分子轨道系数和基组信息，以等密度面的形式呈现分子轨道或由密度值着色的表面（平面、球体）（参加图3）。Chemcraft提供用轨道执行操作的一些可能性（例如将一个轨道乘以另一个轨道）。创建轨道的公式取自GAMESS-US分发的PLTROB程序的源代码。用密度值计算立方体能被很好地优化。注意，如果文件中有多个分子轨道系数表，Chemcraft可以提取它们中的每一个并允许它们被渲染（例如，在MCSCF计算中，可以显示规范或自然轨道）。除了轨道的可视化，Chemcraft还提供了一个简单实用的工具，用于自动确定原子轨道形成每个分子轨道，这对分析轨道很有用。

Chencraft支持一组用于构造分子结构的工具，这些工具可用于准备计算或其他目的的初始猜测：

? 从标准分子片段（自由基等）中构建分子，提供了通过自定义剪贴板来补充该片段集并通过剪贴板复制/粘贴单个片段的可能性；

? 修改分子中的任何几何参数（距离、角度、二面角）。该修饰可以伴随着一个原子、两个原子或选定的原子群的位移；

? 用鼠标在分子图像上拖曳原子或碎片或旋转碎片的可能性（图5）；

? 应用任意几何参数集合的迭代算法（图6）；

? 一种易于使用的实用程序，用于将点群应用于分子（图8）。

5. “拖曳”原子或沿键旋转碎片的例子

当“拖动”原子或执行其他结构修改时，任何几何参数都可以控制在图像上（见图5）。Chemcraft的界面允许人们轻松地改变任何原子的类型或插入/移除一个键。Chemcraft提供了快速获取Z矩阵的实用工具。Z矩阵是通过点击分子中的原子并*一些附加信息来建立的（图7）。在使用这个工具之前，首先应该在Cartesian坐标中获得分子的结构。所有用于构建分子的上述工具都可用于此目的。