产品描述


Chemcraft提供了输出文件以结构化的形式呈现。被读取的文件被分成单独的元素,例如单独的几何形状或振动模式。对于每个元素,从文件中提取所有可用数据:原子坐标、能量梯度等。所有元素都呈现在分层列表中(图1)。单击列表中的元素自动显示图像上的单独几何或模式,并允许显示不同的属性。该接口提供了计算数据的可靠可视化,包括非标准类型的计算、不完整的计算等。它还允许具有多个计算任务的复杂文件被可视化。对于能量扫描或IRC计算,通过扫描/IRC步骤将所有几何结构分成组。除了图形的数据表示之外,Chemcraft概述了输出文件的较基本部分,并为文件的每个元素显示了一个简短的“摘要”。


Chemcraft对于Gaussian用户

我们建议在Gaussian输入文件中输入#P GFINPUT POP(FULL, NBO),以通过Chemcraft实现Gaussian输入文件的可视化。#P选项支持扩展打印输出;GFINPUT选项允许打印基组信息(基组中的基元的描述),而POP(FULL)可打印所有分子轨道系数(POP(REGULAR)也可以使用)。后两个关键词允许Chemcraft可视化分子轨道。POPNBO)实现了自然键轨道分析的打印输出,其中计算了分子中的键。所有这些关键词都是可取的,但不是必需的。至于GAMES文件,可以从文件中看到不同的数据:原子核上的能量(能量梯度)、原子电荷、自旋密度和其他原子属性、NBO键属性(使用量、能量)、正常模式、分子轨道(Cartesian6d等)或internal5d)函数都可以被可视化),MO能量。从文件中读取标准或输入/ Z矩阵方向上的坐标并显示在图像上(这是为了正确地可视原子核上的能量所必需的,因为它们通常以不同于其他属性的排列方向打印)。对于能量表面扫描和IRC作业,所有几何形状按扫描步骤分组。对于每一个几何或振动模式,较基本的数据概述并以“摘要”的形式显示(SCF能量,收敛标准等)。Chemcraft读取多步骤Gaussian作业,然后呈现为几个扩展节点的列表,每个节点表示文件中的单个作业。除了Gaussian输出文件外,Chemcraft还可以读取Formatted Checkpoint文件(.fch, 从文件中提取分子结构和轨道。对于分子轨道和其他性质的可视化,Gaussian立方体文件也可以读取。


ChemcraftNMR计算(GIAO,CSGT)的Gaussian日志文件中读取各向同性屏蔽值。提供了一种简单的工具,用于将它们重新描述成化学位移和在*原子组内的平均值。


Chencraft支持一组用于构造分子结构的工具,这些工具可用于准备计算或其他目的的初始猜测:

? 从标准分子片段(自由基等)中构建分子,提供了通过自定义剪贴板来补充该片段集并通过剪贴板复制/粘贴单个片段的可能性;

? 修改分子中的任何几何参数(距离、角度、二面角)。该修饰可以伴随着一个原子、两个原子或选定的原子群的位移;

? 用鼠标在分子图像上拖曳原子或碎片或旋转碎片的可能性(图5);

? 应用任意几何参数集合的迭代算法(图6);

? 一种易于使用的实用程序,用于将点群应用于分子(图8)。

5. “拖曳”原子或沿键旋转碎片的例子

当“拖动”原子或执行其他结构修改时,任何几何参数都可以控制在图像上(见图5)。Chemcraft的界面允许人们轻松地改变任何原子的类型或插入/移除一个键。Chemcraft提供了快速获取Z矩阵的实用工具。Z矩阵是通过点击分子中的原子并*一些附加信息来建立的(图7)。在使用这个工具之前,首先应该在Cartesian坐标中获得分子的结构。所有用于构建分子的上述工具都可用于此目的。


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