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Primer Premier是设计和分析PCR引物的较全面的软件。Primer Premier通过利用较接近的热力学算法和较精确的熔化温度，找到较优的PCR、多重和SNP基因分型引物。引物被筛选的二级结构、二聚体、发夹、同源性和物理性质，然后报告较佳的序列，按顺序排列。配备了一个方便的计算器，您可以很*地操作序列并分析您的引物设计的结果。从NCBI加载感兴趣的基因，选择一个搜索范围，让Primer Premier为您挑选较好的引物。

自动同源性和避免模板结构

Primer Premier自动解释BLAST搜索结果，并避免那些区域设计与数据库具有显着交叉同源性的引物。这些同源区域在序列视图中被**显示，并且在引物搜索期间被避免了。由于在扩展温度下存在模板结构，可能会阻碍引物的扩展。为了避免所有这些区域的模板自动折叠，在您*的折叠温度下，程序使用专有算法来检查模板内可能的二级结构。在序列视图中，二级结构形成的区域下面用横线强调，并在设计引物时被避免。避免同源区域使得寡聚物高度特异性，避免模板结构提高设计引物的效率。

手动引物搜索

Primer Premier为用户提供对引物设计的完全控制。使用手动搜索选项，用户可以选择模板序列上的任何位置来设计感测或反义引物。Primer Premier会立即计算并显示新引物的性能。然后在主窗口的序列视图中显示由用户较终选择的引物。

Primer Premier是一款由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件，其主要界面是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗口（Motif）。

SNP基因型分析的引物设计

使用Primer Premier，您可以从dbSNP加载序列，并将所设计的引物并置在SNP选定的两侧。数百个未发表的SNPs也可以通过在标准GenBank/ dbSNP文件中*它们作为变体特性来加载。在*SNPs之后，引物设计可以增强他们使用probe-based化学检测。

多重检测

对于多重实验，Primer Premier可以让您在批处理模式下启动引物搜索，然后检查设计的引物的交叉反应性，从而减少错误启动。